Het is mogelijk om volledig de Apache richtlijnen te bewerken die worden toegevoegd aan een nieuwe virtuele server die word aangemaakt. Variabele substitutie word uitgevoerd voor alle standaard Virtualmin template variabelen. U moet zeer voorzichtig zijn om Apache richtlijnen te wijzigen omdat er veiligheid's risico's kunnen ontstaan. De Apache documentatie en de algemene Apache secties in de Webmin documentatie kunnen worden geraadpleegd voor meer details over de Apache configuratie.